| 1 | Antonio Joao Pedro | 2009 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'13''21 | 430 |  |  | |
50m 34.75 (34.75) 100m 1:13.21 (38.46) [1:13.21] |
| 2 | Silva Rafael Alexandre Miguel | 2009 | POR Louletano Desportos Clube | 01'17''55 | 362 | | | |
50m 37.39 (37.39) 100m 1:17.55 (40.16) [1:17.55] |
| 3 | Surguch Lev | 2009 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'20''34 | 325 | | | |
50m 37.32 (37.32) 100m 1:20.34 (43.02) [1:20.34] |
| 4 | Silva Mateus Inacio | 2009 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'20''35 | 325 | | | |
50m 37.67 (37.67) 100m 1:20.35 (42.68) [1:20.35] |
| 5 | Costa Tiago Afonso | 2009 | POR Louletano Desportos Clube | 01'21''48 | 312 | | | |
50m 39.03 (39.03) 100m 1:21.48 (42.45) [1:21.48] |
| 6 | Serra Isaac Manuel | 2009 | POR Clube Nautico Do Guadiana | 01'22''31 | 302 | | | |
50m 38.68 (38.68) 100m 1:22.31 (43.63) [1:22.31] |
| 7 | Bacalhau Francisco Soares | 2009 | POR Futebol Clube Ferreiras | 01'25''06 | 274 | | | |
50m 39.59 (39.59) 100m 1:25.06 (45.47) [1:25.06] |
| 8 | Pereira Lucas Pinto | 2009 | POR Clube Nautico Do Guadiana | 01'26''00 | 265 | | | |
50m 40.64 (40.64) 100m 1:26.00 (45.36) [1:26.00] |
| 9 | Pereira Vasco Dias | 2009 | POR Louletano Desportos Clube | 01'27''79 | 249 | | | |
50m 41.09 (41.09) 100m 1:27.79 (46.70) [1:27.79] |
| 10 | Barreto Joao Manuel | 2009 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 01'28''33 | 245 | | | |
50m 42.09 (42.09) 100m 1:28.33 (46.24) [1:28.33] |
| 11 | Timotin Catalin | 2009 | POR Louletano Desportos Clube | 01'30''73 | 226 | | | |
50m 43.20 (43.20) 100m 1:30.73 (47.53) [1:30.73] |
| 12 | Miguel Tomas Santos | 2009 | POR Aquatico Clube De Silves | 01'32''66 | 212 | | | |
50m 43.01 (43.01) 100m 1:32.66 (49.65) [1:32.66] |
| 13 | Romao Francisco Antonio | 2009 | POR Futebol Clube Ferreiras | 01'36''63 | 187 | | | |
50m 45.63 (45.63) 100m 1:36.63 (51.00) [1:36.63] |
| | Maletchi Octavian | 2009 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | Squalificato | |
